在C#中可以使用代码在SQLite数据库中创建数据表，在创建数据表之前先用代码判断数据库中的数据表是否存在。
需要用到文件包括：System.Data.SQLite.dll和SQLite.Interop.dll

使用Visual Studio创建的项目为WindowsForm(.NET Framework)，代码如下：

using System;
using System.Windows.Forms;
using System.Data.SQLite;
using System.IO;

namespace HovertreeSQLite
{
    public partial class HovertreeForm : Form
    {
        string h_hovertreeFile;
        public HovertreeForm()
        {
            InitializeComponent();
            h_hovertreeFile = System.Environment.CurrentDirectory + "\\HovertreeDb.db";
        }

        private void button_CreateDb_Click(object sender, EventArgs e)
        {

            if (File.Exists(h_hovertreeFile))
            {
                MessageBox.Show("已存在：" + h_hovertreeFile);
                return;
            }
            else
            {
                MessageBox.Show("准备创建：" + h_hovertreeFile);
                SQLiteConnection.CreateFile(h_hovertreeFile);
                MessageBox.Show("已创建：" + h_hovertreeFile);
            }
        }

        //创建SQLite数据表
        private void button_CreateTable_Click(object sender, EventArgs e)
        {
            SQLiteConnection m_dbConnection = new SQLiteConnection("Data Source=" + h_hovertreeFile + ";Version=3;");
            m_dbConnection.Open();

            //先判断数据表是否存在
            string m_sqlExist = "SELECT count(*) FROM sqlite_master WHERE type='table' AND name = 'hovertree';";
            SQLiteCommand m_command = new SQLiteCommand(m_sqlExist, m_dbConnection);

            object o_count = m_command.ExecuteScalar();

            if(Convert.ToInt32(o_count) ==1)
            {
                MessageBox.Show("数据表已存在");
                return;
            }

            //创建数据表
            string m_sql = "create table hovertree (name varchar(20), score int)";
            m_command.CommandText = m_sql;         
            m_command.ExecuteNonQuery();
             MessageBox.Show("数据表已创建");
        }
    }
}

本代码运行有效，运行后使用SQLiteStudio查看，创建表成功。

本示例代码可成功运行，但仅供参考。